上海和黄药业于2010年被列为“上海市专利工作培育企业”，2013年被提升为“上海市专利工作试点企业”，2016年又被提升为“上海市专利工作示范企业”。公司按照《企业知识产权管理规范》（GB/T29490-2013），建立了公司知识产权标准化管理体系，并于2017年8月通过国家知识产权贯标认证。

近年来，公司围绕现有产品二次开发、新产品开发、中药材基地建设关键技术的研究成果申请专利，截至2022年5月，共获得授权专利73项。公司建立了胆宁片加拿大知识产权保护体系。“上药牌”商标在加拿大获得注册，Biliflow（胆宁片加拿大商品名）获得加拿大工业品外观识别登记，胆宁片PCT发明专利获得加拿大授权。